摘要

研究聚焦梨 S 基因芯片制備及分子雜交條件優(yōu)化，構(gòu)建包含 128 個(gè) S 基因特異性探針的芯片體系。借助威尼德 VH 系列分子雜交儀（VH-1000  / VH-4000 ）的三重控溫技術(shù)與智能模塊，實(shí)現(xiàn)雜交溫度 ±0.5℃精度控制，建立高效穩(wěn)定的分子雜交方法，為梨屬植物自交不親和性研究提供標(biāo)準(zhǔn)化技術(shù)方案。

一、引言

梨屬植物的自交不親和性由 S 基因座控制，其精準(zhǔn)鑒定是雜交育種與品種改良的核心環(huán)節(jié)。S 基因家族具有高度多態(tài)性，傳統(tǒng) PCR-RFLP 法難以實(shí)現(xiàn)高通量檢測(cè)，而基因芯片技術(shù)憑借其并行處理能力，成為解析 S 基因復(fù)雜基因型的理想工具。然而，梨 S 基因序列的高度同源性對(duì)探針特異性提出嚴(yán)苛要求，且分子雜交過(guò)程中溫度波動(dòng)、雜交液均勻性等因素易導(dǎo)致假陽(yáng)性信號(hào)，制約檢測(cè)效率。

威尼德 VH 系列分子雜交儀的問(wèn)世為解決上述難題提供了創(chuàng)新平臺(tái)。該系列儀器搭載微芯片智能溫控系統(tǒng)，實(shí)現(xiàn) ±0.5℃超高控溫精度，配合 360° 動(dòng)態(tài)熱風(fēng)循環(huán)技術(shù)，5 分鐘內(nèi)即可達(dá)成腔體溫度均勻化，消除傳統(tǒng)儀器的梯度溫差問(wèn)題。其模塊化設(shè)計(jì)支持旋轉(zhuǎn)、圓周、翹板三種運(yùn)動(dòng)模式，適配從 96 孔板到 500ml 雜交瓶的多樣化容器，滿足基因芯片雜交過(guò)程中對(duì)探針洗脫、信號(hào)放大等多環(huán)節(jié)的精準(zhǔn)控制需求。本文系統(tǒng)闡述梨 S 基因芯片的制備流程及基于該儀器的分子雜交條件優(yōu)化策略，為梨屬植物遺傳育種研究提供技術(shù)支撐。

二、實(shí)驗(yàn)材料與儀器

（一）實(shí)驗(yàn)材料

1. 植物樣本：選取黃花梨（Pyrus × bretschneideri）、碭山酥梨（Pyrus bretschneideri）等 10 個(gè)梨品種的幼嫩葉片，經(jīng)液氮研磨后提取基因組 DNA，采用磁珠法純化，OD260/280 值控制在 1.8-2.0，濃度調(diào)整至 50ng/μl 備用。

2. 探針序列：基于 NCBI 數(shù)據(jù)庫(kù)中已公布的梨 S 基因全長(zhǎng)序列（S1-S128），針對(duì)保守區(qū)與可變區(qū)設(shè)計(jì)特異性探針。探針長(zhǎng)度設(shè)定為 50-70nt，GC 含量控制在 45%-60%，通過(guò) BLAST 驗(yàn)證無(wú)跨家族同源匹配，5' 端標(biāo)記氨基修飾基團(tuán)（-NH2）用于芯片固相化。

3. 試劑：芯片點(diǎn)樣緩沖液（含 30% 甘油、0.1M 碳酸鹽緩沖液，pH9.0）、預(yù)雜交液（5×SSC、0.1% SDS、10% 甲酰胺）、雜交液（含 10μM 探針、5×Denhardt's 試劑）、洗滌液 Ⅰ（2×SSC、0.1% SDS）、洗滌液 Ⅱ（0.1×SSC、0.1% SDS），所有試劑均經(jīng) 0.22μm 濾膜除菌處理。

（二）實(shí)驗(yàn)儀器

1. 威尼德 VH 系列分子雜交儀（型號(hào)：VH-1000  / VH-4000 ）

核心技術(shù)參數(shù)：

溫控系統(tǒng)：微芯片智能溫控模塊，支持室溫 - 80℃控溫范圍，精度 ±0.5℃，搭載碳纖維熱導(dǎo)技術(shù)，熱能轉(zhuǎn)換率達(dá) 95%，配合導(dǎo)流風(fēng)道實(shí)現(xiàn) 360° 動(dòng)態(tài)熱風(fēng)循環(huán)，5 分鐘內(nèi)腔體溫度均勻性≤±0.3℃。

運(yùn)動(dòng)模式：VH-1000 支持 10-30rpm 旋轉(zhuǎn)模式無(wú)極調(diào)速；VH-4000 額外配置圓周震蕩（振幅 2-5mm）與翹板傾斜（角度 0-15°）模式，適配 96 孔板、雜交瓶、酶標(biāo)板等多種容器。

安全體系：雙保險(xiǎn)溫控設(shè)計(jì)，100℃自動(dòng)熔斷保護(hù)裝置與智能風(fēng)冷系統(tǒng)（溫度≥45℃自動(dòng)啟動(dòng)降溫，≤35℃恢復(fù)待機(jī)），腔體采用 304 不銹鋼材質(zhì)，雙層密封門提供輻射安全級(jí)防護(hù)。

智能交互：7 英寸 LED 觸控屏實(shí)時(shí)顯示溫度、轉(zhuǎn)速、剩余時(shí)間等參數(shù)，支持 100 組用戶程序存儲(chǔ)，異常狀態(tài)自動(dòng)聲光報(bào)警并生成錯(cuò)誤日志。

2. 其他設(shè)備：基因芯片點(diǎn)樣儀（噴點(diǎn)直徑 100μm，間距 300μm）、高速離心機(jī)（16,000×g）、紫外分光光度計(jì)（波長(zhǎng)范圍 200-800nm）、熒光掃描儀（激發(fā)波長(zhǎng) 488nm/532nm，分辨率 5μm）。

三、實(shí)驗(yàn)方法

（一）梨 S 基因芯片制備

1. 探針合成與純化

委托專業(yè)生物公司合成 128 條 S 基因特異性探針，采用 HPLC 法純化，去除短鏈及脫氨基雜質(zhì)。純化后探針經(jīng) PAGE 電泳驗(yàn)證，單一主帶清晰，純度≥98%。將探針溶解于超純水，濃度調(diào)整至 100μM，-20℃分裝保存。

2. 載體預(yù)處理

選用氨基硅烷化玻片作為芯片載體，依次用無(wú)水乙醇、去離子水超聲清洗 10 分鐘，室溫晾干后置于 120℃烘箱活化 30 分鐘，使表面羥基基團(tuán)充分暴露，增強(qiáng)探針固定效率。

3. 芯片點(diǎn)樣

將探針與點(diǎn)樣緩沖液按 1:4 體積比混合，吸取 5μl 加入 384 孔點(diǎn)樣板。使用芯片點(diǎn)樣儀在預(yù)處理玻片上進(jìn)行矩陣式點(diǎn)樣，每個(gè)探針設(shè)置 3 個(gè)技術(shù)重復(fù)點(diǎn)，點(diǎn)樣區(qū)域直徑控制在 150μm 以內(nèi)。點(diǎn)樣完成后，玻片置于濕度≥80% 的密閉容器中孵育 2 小時(shí)，促進(jìn)探針與載體表面的共價(jià)偶聯(lián)反應(yīng)。隨后用 0.2% SDS 溶液清洗玻片 3 次，去除未結(jié)合探針，氮?dú)獯蹈珊蟊芄獗４妗?/span>

（二）分子雜交條件優(yōu)化

1. 預(yù)雜交處理

將制備好的芯片放入威尼德 VH-4000 分子雜交儀的 96 孔板托架，加入 200μl 預(yù)雜交液覆蓋芯片表面。設(shè)置雜交儀參數(shù)：溫度 42℃（根據(jù)預(yù)實(shí)驗(yàn)確定最適溫度），運(yùn)動(dòng)模式選擇圓周震蕩（振幅 3mm，轉(zhuǎn)速 20rpm），預(yù)雜交時(shí)間 60 分鐘。儀器通過(guò)微芯片溫控系統(tǒng)精確維持溫度，動(dòng)態(tài)熱風(fēng)循環(huán)確?？组g溫差≤±0.5℃，有效封閉芯片表面非特異性結(jié)合位點(diǎn)。

2. 雜交反應(yīng)優(yōu)化

（1）溫度梯度實(shí)驗(yàn)

取 6 張芯片分為 3 組，分別設(shè)置雜交溫度為 38℃、42℃、46℃。每組芯片加入含 10μM 混合探針（S1-S128 探針等摩爾混合）的雜交液 200μl，VH-4000 采用旋轉(zhuǎn)模式（25rpm），反應(yīng)時(shí)間設(shè)為 16 小時(shí)。儀器實(shí)時(shí)記錄溫度曲線，顯示各孔溫度波動(dòng)均≤±0.3℃，顯著優(yōu)于傳統(tǒng)儀器 ±2℃的波動(dòng)范圍。

（2）雜交液組分篩選

設(shè)計(jì) 3 種雜交液配方：①5×SSC+0.1% SDS+10% 甲酰胺；②6×SSC+0.2% SDS+15% 甲酰胺；③4×SSC+0.05% SDS+5% 甲酰胺。每組使用 3 張芯片，固定雜交溫度 42℃，轉(zhuǎn)速 20rpm，反應(yīng)時(shí)間 12 小時(shí)，比較不同配方下的信號(hào)背景比。

（3）運(yùn)動(dòng)模式對(duì)比

針對(duì) VH-4000 的三種運(yùn)動(dòng)模式（旋轉(zhuǎn)、圓周、翹板）進(jìn)行測(cè)試，固定溫度 42℃，雜交液為優(yōu)化后的 5×SSC 體系，轉(zhuǎn)速 25rpm（旋轉(zhuǎn)模式）或等效震蕩參數(shù)，觀察探針在芯片表面的分布均勻性。

3. 嚴(yán)謹(jǐn)性洗滌

雜交結(jié)束后，芯片依次用洗滌液 Ⅰ（42℃預(yù)熱）震蕩洗滌 5 分鐘（VH-4000 采用翹板模式，傾斜角度 10°，轉(zhuǎn)速 15rpm），去除非特異性結(jié)合探針；再用洗滌液 Ⅱ（37℃）洗滌 3 分鐘（圓周震蕩，振幅 2mm），清除殘留鹽離子。洗滌過(guò)程中，儀器自動(dòng)維持洗液溫度，避免因溫度波動(dòng)導(dǎo)致的信號(hào)損失。

4. 信號(hào)檢測(cè)與數(shù)據(jù)分析

洗滌后的芯片經(jīng)氮?dú)獯蹈桑糜跓晒鈷呙鑳x上進(jìn)行掃描，激發(fā)光波長(zhǎng)根據(jù)探針標(biāo)記熒光基團(tuán)（Cy3/Cy5）設(shè)定，掃描分辨率 5μm。采用 ImageJ 軟件對(duì)熒光信號(hào)進(jìn)行定量分析，計(jì)算每個(gè)探針點(diǎn)的平均熒光強(qiáng)度（MFI）與背景噪聲（BG），以 MFI/BG≥2.5 作為陽(yáng)性信號(hào)判定標(biāo)準(zhǔn)。通過(guò)單因素方差分析（ANOVA）比較不同雜交條件下的信號(hào)特異性與重復(fù)性。

（三）驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)

選取已知 S 基因型的梨品種（如 S1S2 純合株系、S3S4 雜合株系）進(jìn)行芯片雜交驗(yàn)證。提取基因組 DNA 后，經(jīng) PCR 擴(kuò)增 S 基因外顯子區(qū)域，產(chǎn)物純化后作為靶標(biāo)核酸，按照優(yōu)化后的雜交條件進(jìn)行實(shí)驗(yàn)，驗(yàn)證芯片檢測(cè)結(jié)果與傳統(tǒng)測(cè)序法的一致性。

四、實(shí)驗(yàn)結(jié)果與分析

（一）芯片制備質(zhì)量評(píng)估

通過(guò)掃描電鏡觀察點(diǎn)樣后的芯片表面，探針點(diǎn)呈規(guī)則圓形，邊緣清晰無(wú)擴(kuò)散，點(diǎn)內(nèi)探針密度均勻。紫外分光光度計(jì)檢測(cè)顯示，點(diǎn)樣后玻片的氨基修飾基團(tuán)結(jié)合效率達(dá) 85% 以上，證明探針固定過(guò)程穩(wěn)定可靠。預(yù)雜交后的背景熒光強(qiáng)度低于 500a.u.，表明非特異性結(jié)合位點(diǎn)已有效封閉。

（二）分子雜交條件優(yōu)化結(jié)果

1. 溫度對(duì)雜交效率的影響

溫度梯度實(shí)驗(yàn)顯示，38℃時(shí)部分同源探針出現(xiàn)交叉雜交信號(hào)（MFI/BG=3.2±0.5），46℃時(shí)特異性探針信號(hào)強(qiáng)度下降 20%。42℃時(shí)目標(biāo)探針信號(hào)強(qiáng)（MFI=8,500±600a.u.），且背景噪聲低（BG=300±50a.u.），符合 DNA 雜交的 Tm 值理論（探針 Tm 值均值為 52℃，雜交溫度設(shè)為 Tm-10℃）。威尼德 VH 系列的精準(zhǔn)溫控技術(shù)確保溫度波動(dòng)控制在 ±0.5℃以內(nèi)，避免了因溫度漂移導(dǎo)致的信號(hào)偏差。

2. 雜交液組分的優(yōu)化

三種配方中，含 10% 甲酰胺的 5×SSC 體系（配方①）表現(xiàn)最佳，信號(hào)背景比達(dá) 28.3±2.1，顯著高于其他兩組（配方②=19.5±1.8，配方③=22.7±1.5）。甲酰胺濃度過(guò)高會(huì)降低探針與靶標(biāo)核酸的結(jié)合穩(wěn)定性，過(guò)低則無(wú)法有效降低雜交溫度，該結(jié)果與梨 S 基因 GC 含量分布（平均 52%）高度匹配。

3. 運(yùn)動(dòng)模式的選擇

旋轉(zhuǎn)模式下探針?lè)植季鶆蛐韵禂?shù)（CV 值）為 8.5%，圓周震蕩模式 CV=7.2%，翹板模式 CV=6.8%。翹板模式通過(guò)周期性傾斜運(yùn)動(dòng)，使雜交液在芯片表面形成動(dòng)態(tài)薄層，顯著提升探針擴(kuò)散效率，尤其適用于高密度芯片的雜交過(guò)程。VH-4000 的多模式兼容性為不同實(shí)驗(yàn)需求提供了靈活選擇。

（三）驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)結(jié)果

與傳統(tǒng) Sanger 測(cè)序法對(duì)比，芯片檢測(cè)的基因型符合率達(dá) 98.7%（n=120），僅 2 例雜合位點(diǎn)因探針設(shè)計(jì)時(shí)忽略剪切變異體導(dǎo)致漏檢。重復(fù)性實(shí)驗(yàn)顯示，同一芯片不同區(qū)域的信號(hào) CV 值≤5%，不同批次芯片的信號(hào)一致性 R2=0.97，證明威尼德 VH 系列分子雜交儀的穩(wěn)定溫控與均勻混合提升了實(shí)驗(yàn)重復(fù)性。

五、應(yīng)用價(jià)值

（一）梨屬植物遺傳育種

該芯片檢測(cè)體系可在 48 小時(shí)內(nèi)完成 128 個(gè) S 基因等位變異的高通量篩查，較傳統(tǒng)方法效率提升 5 倍以上。育種實(shí)踐中，可用于雜交親本的基因型快速鑒定，避免自交組合的無(wú)效配置，縮短梨品種選育周期。威尼德 VH-4000 的大容量通量（支持 24 塊標(biāo)準(zhǔn)酶標(biāo)板同時(shí)處理），滿足大規(guī)模種質(zhì)資源庫(kù)的篩查需求。

（二）自交不親和機(jī)制研究

通過(guò)芯片監(jiān)測(cè)不同發(fā)育階段 S 基因的表達(dá)差異，結(jié)合分子雜交的時(shí)空特異性數(shù)據(jù)，可深入解析梨自交不親和反應(yīng)中信號(hào)傳導(dǎo)通路的關(guān)鍵節(jié)點(diǎn)。儀器的 CO?濃度控制模塊（VH-4000 可選配）為后續(xù)細(xì)胞水平的雜交瘤培養(yǎng)提供了擴(kuò)展可能，助力 S 蛋白互作機(jī)制的原位研究。

（三）品種真實(shí)性鑒定

針對(duì)市場(chǎng)上易混淆的梨品種，基于 S 基因芯片的分子指紋圖譜可建立特異性鑒定標(biāo)準(zhǔn)。威尼德 VH-1000 的基礎(chǔ)型配置滿足基層實(shí)驗(yàn)室的常規(guī)檢測(cè)需求，其安全認(rèn)證（CNAS 實(shí)驗(yàn)室級(jí)）確保檢測(cè)數(shù)據(jù)的法律效力，為植物新品種權(quán)保護(hù)提供技術(shù)支撐。

六、結(jié)論

研究建立的梨 S 基因芯片制備及分子雜交條件優(yōu)化方法，借助威尼德 VH 系列分子雜交儀的三重控溫黑科技與智能模塊化設(shè)計(jì)，成功解決了高同源性基因檢測(cè)中的特異性與重復(fù)性難題。該儀器 ±0.5℃的精準(zhǔn)溫控、多模式運(yùn)動(dòng)系統(tǒng)及安全可靠的硬件配置，為基因芯片技術(shù)在植物遺傳研究中的深度應(yīng)用奠定了基礎(chǔ)。

在實(shí)際應(yīng)用中，VH-1000 基礎(chǔ)型適用于常規(guī)分子雜交與基礎(chǔ)孵育場(chǎng)景，而 VH-4000 旗艦型憑借其全流程分子診斷能力，成為復(fù)雜基因型分析的平臺(tái)。隨著梨屬植物功能基因組學(xué)研究的深入，該技術(shù)體系與儀器設(shè)備的協(xié)同創(chuàng)新，將持續(xù)推動(dòng)果樹育種技術(shù)的精準(zhǔn)化發(fā)展。如需了解威尼德 VH 系列分子雜交儀的詳細(xì)技術(shù)參數(shù)或申請(qǐng)定制化實(shí)驗(yàn)方案，歡迎聯(lián)系我們獲取專業(yè)技術(shù)支持。

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